La posizione geografica, con ampie distese di monti, colline e vallate ricche di acque, ha favorito insediamenti umani a Nocera fin dalla Preistoria, di cui il territorio porta significative tracce. Nel 1986 sono stati ritrovati delle pietre lavorate risalenti a circa 500.000 anni fa, che rappresentano i più antichi reperti del territorio. Varie civiltà si susseguirono a Nocera: quella del ferro, la subappenninica, la italica; esse sono documentate da reperti raccolti in musei di Roma e Perugia. La civiltà umbra ha avuto, nella fondazione di Nocera centro, l’espressione amministrativa di una Città- Stato, che dominava il territorio in forma unitaria. Il nome significa: "Nuova Costruzione", dall’osco umbro Noucr, e risale al VIII secolo a.C.. In essa trovò vita e progresso la tribù dei Favonienses, devoti alla dea Favonia, cui si aggiunsero i Camellani, provenienti dalla vicina Camerino.
Durante le Guerre Sociali, i Nocerini ebbero riconosciuta la loro autonomia con l’elevazione della città a Municipium. I Romani costruirono la Consolare Flaminia Roma-Fano e, poco dopo, il diverticulum (scorciatoia) Nocera-Ancona. Nocera, durante l’impero romano, poteva vantare una fiorente industria del legno; infatti Strabone, nell’elenco delle città allora conosciute, aggiunge al nome Nocera: "...dove si costruiscono oggetti di legno."; Tolomeo la chiama colonia. La religione cristiana si affermò presto nella città e nel territorio, tanto che, nel secolo V, fu riconosciuta Diocesi. La Flaminia fu la rovina della città, quando i Popoli Nuovi, scesi dall’Europa centrale, si riversarono su Roma attraverso le strade consolari. La prima distruzione di Nocera, avvenne nel 410 d.C, ad opera dei Visigoti. Tale evento, tuttavia, non segnò la fine del centro; infatti, i Nocerini superstiti ricostruirono la città sul colle, dove ancora oggi è posta la parte antica.
Nel 571 d.C., i Longobardi si stanziarono davanti alla città, sul Castellano, e fecero di Nocera una Arimannia di avamposto sicuro per il Ducato di Spoleto. Sono testimonianza preziosa di questa dominazione, tre Necropoli che hanno riportato alla luce un imponente materiale documentario. Le tappe che hanno caratterizzato la storia di Nocera, nella seconda metà del primo Millennio, sono da sintetizzare in questo modo: postazione militare, Castaldato, Contea; un incastellamento fitto e ben collegato, dove Rocche, Castelli, Torri (punti di osservazione strategici) dettero lustro e dominio ad un territorio che si estendeva fino a Fabriano. Nocera, già "Arx fortissima" (rocca imprendibile), fu maggiormente accresciuta (aucta fuit), come dice il codice 341 di Assisi. Durante il feudalesimo, i giochi di potere dei Duchi e dei Conti assoggettarono ai più forti tutto il territorio, che andò frantumandosi con l’avvento dei commerci e della potenza dei Comuni limitrofi.
Il Comune di Nocera, sorto nella seconda metà del sec. XII e appoggiato dal Vescovo Anselmo, per opporsi allo strapotere del Conte, ebbe vita breve, perchè, per sopravvivere, nel 1202 dovette sottomettersi a Perugia. Nelle lotte tra Guelfi e Ghibellini, Nocera fu distrutta dalle truppe di Federico II nel 1248. Stentò a riprendersi, anche perché i Castelli preferirono allearsi con le città vicine più potenti ed in forte espansione. A seguito delle Costituzioni dell’Albornoz, Nocera si dette nuovi Statuti nel 1371 e fu aggregata allo Stato della Chiesa. Nel 1393 fu data in vicariato ai Trinci di Foligno. Dal 1439 fu direttamente amministrata dallo Stato Pontificio.
Ormai non più importante, sotto il profilo politico, durante il Rinascimento, Nocera cominciò ad essere conosciuta e stimata dagli studiosi dell’epoca per le virtù terapeutiche delle sue acque. Fin dall’antichità l’acqua di Nocera era apprezzata e conosciuta per la purezza, la freschezza e gli effetti medicinali, a livello italiano ed europeo. Ciò grazie anche alla stabilità politica ed al benessere raggiunto dallo Stato Pontificio. Nel 1653, lo Jacobilli scrive: " ... giornalmente cavata e condotta non solamente a Roma, Fiorenza, Milano ed altri luoghi d’Italia ma anco in Germania, Portogallo, in Costantinopoli e in altre regioni lontanissime, ricevendosi dappertutto mirabili effetti ". La fama dell’acqua si accrebbe, raggiungendo, nel sec. XVIII, il massimo riconoscimento, quando divenne termine di paragone per giudicare la mineralità di altre acque. Lo Stato Pontificio si impegnò a costruire palazzi adeguati per rendere confortevole il soggiorno dei "purganti", come venivano detti i turisti del tempo. Nocera fu meta di signori, di principi, di letterati e borghesi.
Altro elemento caratterizzante la Nocera moderna è la ricchezza culturale, sviluppatasi in maniera particolare nel Seminario Vescovile, abilitato dall’inizio del sec. XIX, per benevolenza pontificia, a concedere Lauree in Teologia, Diritto Canonico e Civile. Nel 1860 la città fu annessa allo Stato italiano. La struttura del centro e del territorio, legata al mondo militare, agricolo ed artigianale, non ha saputo reggere all’evoluzione dell’industria, poco adatta alla zona, ed agli eventi politici avversi. Con un passato interessante alle spalle e con la volontà di voler emergere, Nocera, oggi, è in fase di sviluppo per una sua qualificazione culturale e turistica.